骨科以功能性分科細分為:
骨科和復健科最大的差異，在於骨科屬於外科，幾乎除了心、肺、腸胃、肝、腎等內臟方面的開刀，都屬於骨科主治的範疇。項目包括：肢體及關節脫臼、骨折、開放性骨折、骨髓炎、關節炎、先天性骨關節畸形、後天性骨關節畸形、骨腫瘤、脊椎側彎、脊椎傷害及病變、肌腱及韌帶斷裂等傷害、長短腳或是手部骨關節異常、骨折疏鬆症以及運動傷害所造成的外傷骨折或是骨骼上明顯的變異。如果只是覺得肌肉痠痛，無明顯骨骼外觀上的異常，掛骨科或復健科皆可。
但即使同樣都是痠痛的問題，骨科和復健科醫師處置的方向也不同。骨科醫師會盡速解決病患的疼痛，一般多會利用藥物或加上部份復健動作來減緩關節發炎的退化;而復健科醫師則盡量不用藥，多加強衛教，例如冷敷、熱敷、電療、按摩，讓疼痛舒緩，2科在用藥方面的比例也不同。
雖然2科有所區別，但坊間仍常可看到骨科醫師和復健科醫師結合為1個治療中心，因此也是相輔相成，不必擔心看錯科。
復健科功能
主治項目：
復健科主治的項目很複雜，結合了骨科、神經內外科、心臟及肺部胸腔科，與小兒內外科間的合作治療模式，因為各種手術後可能都需要復健科幫忙讓肢體及骨骼、肌肉的功能回復。主治的項目如下：
1.心臟病、肺部功能缺損障礙治療後。
2.腦部傷害的頭部外傷、中風。
3.肢體傷害如關節炎置換關節、骨折治療後。
開刀手術後，要重建心肺功能。
腦傷後的肢體障礙復元、學習如何使用人工關節及強化肌力。
分析患者病症引發因素：
通常筋骨痠痛的問題，復健科和骨科醫師的診斷不會有太大差異，但是 2 科醫師在醫學院臨床受訓的模式不同。
復健科醫師的訓練過程中，除了要仔細分辨是肌肉、骨骼或肌腱等問題外，指導老師也會花很多時間去分析引發病患痠痛的因素為何？例如是因為日常生活的姿勢不當所引起？或是運動姿勢不對？而經常下背痛的人，通常彎腰拿東西時，是不是常常直接彎身？容易造成肌肉拉傷等等動作不正確。
甚至病患的生活環境和傢俱擺設也是分析的重點之一，因為有可能是工作桌椅不符合人體工學所導致。所以在診治上多著重在衛教，強化日常生活的動作、姿勢和桌椅等傢俱的擺設，醫師也會花較多的時間教病患做運動，預防筋骨痠痛症狀再度復發。