會計師根據一般公認會計原則及一般公認審計準則之規定辦理查核，公司會計部門自編之財務報表。並作適當的調整更正，出具查核報告表示專業意見。
查核簽證報告書依目的性不同分為財務簽證及稅務簽證
財務簽證：
1.公司法第20條規定：訂定實收資本額達新台幣三千萬元以上之公司，其財務報表，應先經會計師查核簽證後，提請股東同意或股東常會承認。
2.銀行融資：借款達新台幣3,000萬以上銀行徵信要求取具財務簽證報告書
查核意見之類型：
(1) 無保留意見 : 會計師作成財務報表在所有重大方面係依照適用財務報導架構編製結論時，出具無保留意見。
(2) 修正式意見（包括保留意見、否定意見、無法表示意見）：如財務報表整體有重大不實表達或無法取得足夠及適切之查核證據。

稅務簽證：
會計師除了根據一般公認會計原則及一般公認審計準則之規定辦理查核簽證客戶之財務報表後，再依稅法規定查核營利事業所得稅結算申報及檢查有關交易記錄與會計處理是否符合稅法規定，以核定課稅所得額，並代理申報。
稅務簽證查核報告書，是提供給國稅局，證明公司各項收入和成本支出皆依稅法規定申報，減少國稅局複查的成本